مسجد موتی توسط شاه جهان در آگرا ساخته شد. در دوران حکومت شاه جهان، امپراتور مغول، شگفتی‌های معماری متعددی ساخته شد که معروف‌ترین آنها، تاج محل است. در این میان، مسجد موتی نیز لقب مسجد مروارید را گرفته است؛ چون مانند یک مروارید می‌درخشید.
این مسجد برای اعضای دربار سلطنتی شاه جهان در طول 4 سال ساخته شد. محراب مسجد 3 گنبد از سنگ مرمر سفید دارد که روی دیوارهایی از ماسه سنگ قرمز قرار گرفته‌اند. استفاده از سنگ مرمر سفید، یکی از ویژگی‌های معماری در زمان سلطنت شاه جهان بود.