پارک ملی گالاپاگوس که در سال 1959 تأسیس شد و در سال 1968 شروع به کار کرد، اولین پارک ملی اکوادور و میراث جهانی یونسکو است. دولت اکوادور 97 درصد از مساحت جزایر گالاپاگوس را به عنوان اولین پارک ملی این کشور تعیین کرده است. 3 درصد باقی‌مانده نیز بین مناطق مسکونی سانتاکروز، سان کریستوبال، فلورینا و ایزابلا توزیع شده است.

کانال Itabaca بین دو جزیره در گالاپاگوس، اکوادور واقع شده است. تاکسی‌های آبی مردم را از کانال Itabaca به سانتاکروز می‌برند. پارک ملی گالاپاگوس در سال 1986 به دلیل ارزش علمی و آموزشی منحصر به فرد آن، در فهرست ذخیره‌گاه زیست کره قرار گرفت که باید تا ابد حفظ شود.

در سال 2007، یونسکو پارک ملی گالاپاگوس را به لیست سایت‌های میراث جهانی در معرض خطر اضافه کرد که خطرات ناشی از پیشرفت سریع انسان را در تمام زمینه‌ها از جمله مهاجرت، گردشگری و تجارت در این منطقه منعکس می‌کند. این مسئله نشان‌دهنده بزرگ‌ترین خطر برای اکوسیستم شکننده‌ای است که طی میلیون‌ها سال در انزوای طبیعی تکامل یافته است.

منطقه مورد علاقه بازدیدکنندگان در گالاپاگوس، خلیج تورتوگا، واقع در جزیره سانتاکروز است، که پیاده 20 دقیقه از Puerto Ayora فاصله دارد. مسیر پیاده‌روی به طول 1.55 مایل (2490 متر) از 6 صبح تا 6 عصر باز است. بازدیدکنندگان باید در آغاز راه، از دفتر خدمات پارک گالاپاگوس عبور کنند. در خلیج تورتوگا می‌توانید ایگواناهای دریایی، خرچنگ‌های گالاپاگوس و پرندگان مختلفی را مشاهده کنید. همچنین، در آنجا خلیج کوچک مجزایی نیز وجود دارد که می‌توانید در آن شنا کنید و شاهد نمایش گروه کوسه‌های سفید، ماهی‌های کوچک، پرندگان، و گاهی اوقات، لاک‌پشت‌های غول‌پیکر گالاپاگوس باشید.